Szkoła Podstawowa Nr 5 z Oddziałami Integracyjnymi im. Jana Pawła II w Kołobrzegu prowadzi gospodarkę finansową na zasadach jednostki budżetowej, rozliczającej się z budżetem Gminy Miasta Kołobrzeg. Szkoła Podstawowa Nr 5 z Oddziałami Integracyjnymi im. Jana Pawła II dysponuje powierzoną w nieodpłatny zarząd nieruchomością przy Arciszewskiego 20 w Kołobrzegu, stanowiącą własność komunalną Gminy Miasta Kołobrzeg. Szkoła Podstawowa Nr 5 z Oddziałami Integracyjnymi im. Jana Pawła II w Kołobrzegu nie posiada osobowości prawnej, a za jej zobowiązania odpowiada budżet Gminy Miasto Kołobrzeg.